Abetine secolari, boschi di faggio e acero montano, boschi misti con incredibili varianti di specie che in autunno creano variopinte macchie di colore: faggi, aceri, frassini, olmi, tigli, ornielli e i rari tassi e agrifogli. Il Parco è coperto in larga parte dal bosco, che diviene foresta secolare negli oltre 5.000 ettari delle “Foreste Casentinesi” e nella Foresta che avvolge il Santuario Francescano della Verna. Oltre alla vegetazione della fascia montana, troviamo ben rappresentate anche tutte le tipologie di bosco della sottostante fascia submontana: ostrieti dominati dal Carpino nero, boschi di Querce a Cerro e a Roverella, Castagneti (soprattutto nella zona di Camaldoli e a Castagno d’Andrea nel versante fiorentino), rimboschimenti di Pino nero. Tra gli alberi ricordiamo la rara Cerro-sughera e, in luoghi caldi e rocciosi, alcuni esemplari relitti di Leccio.
Ma la flora è costituita soprattutto dalle specie erbacee: oltre 1000 le specie finora censite, di cui solo 48 sono alberi e arbusti. Il popolamento più prezioso si trova nel massiccio M.Falco-Falterona. Nei prati, nelle radure e soprattutto nelle rupi e nelle cenge erbose di questa montagna si è conservato il ricordo di migliaia d’anni di evoluzione naturale. Tra le specie citiamo l’Anemone a fiori di narciso (Anemone narcissiflora), la Sassifraga a foglie opposte (Saxifraga oppositifolia), il Mirtillo rosso (Vaccinium vitis-idaea) tutte legate alle alte montagne e ricordo del periodo glaciale che si è andato esaurendo circa 12.000 anni fa. La Viola di Eugenia (Viola eugeniae) simbolo della flora italiana e caratteristica dei massicci appenninici dell’Italia centrale, raggiunge qui il suo limite settentrionale di distribuzione.
A queste aggiungiamo altre specie di grande interesse naturalistico: la Sassifraga alpina (Saxifraga paniculata), il Mirtillo nero (Vaccinium myrtillus) e la Sassifraga solcata (Saxifraga moschata). Uno spettacolo da non perdere, per gli amanti delle flora nemorale delle foreste, è la fioritura primaverile (aprile-maggio) di Cardamini, Bucaneve, Scilla e Coridali, che fioriscono ai piedi delle faggete meglio conservate, prima che le foglie sulle chiome, schiudendosi, oscurino il sottobosco.
Luoghi privilegiati per conoscere e studiare la flora del Parco sono il Giardino Botanico di Valbonella a Corniolo (S.Sofia) e l’Arboreto “Siemoni” a Badia Prataglia.
Nel primo vengono proposti i principali ambienti vegetazionali dell’Appennino tosco-romagnolo, con oltre 400 specie provviste di relativo cartellino e l’organizzazione di tre itinerari tematici.
L’Arboreto Siemoni nasce nell’800 come Parco-Giardino dove il famoso ingegnere forestale Carlo Siemoni, chiamato dal Granduca per risollevare le sorti della Foresta, piantò e acclimatò diverse specie esotiche di alberi. Alcuni di questi patriarchi ancora vegetano e, dopo oltre 150 anni, ricordano l’opera del Siemoni.