Il Presidente
Il Presidente è nominato con Decreto del Ministro dell’Ambiente,d’intesa con il Presidente della Regione e dura in carica 5 anni rinnovabili una sola volta.

Al momento l'Ente è in attesa di nomina del Presidente. Il Commissario straordinario è Luca Santini.

Consiglio Direttivo
Il Consiglio Direttivo è formato dal Presidente e da dodici componenti, nominati con Decreto del Ministro dell’Ambiente sulla base delle indicazioni fornite dai Ministeri, da istituzioni scientifiche e culturali e dalla Comunità del Parco.
E’ l’organo di indirizzo e programmazione dell’Ente e delibera in merito a tutte le questioni generali. Il Consiglio designa inoltre il Vice Presidente scelto tra i componenti indicati dalla Comunità del Parco. 

Attuale composizione del Consiglio Direttivo

La Giunta
La Giunta è composta dal Presidente e da 4 consiglieri, eletti dal Consiglio fra i suoi membri. E’ l’organo esecutivo dell’Ente e deve tradurre in pratica gli indirizzi dettati dal Consiglio Direttivo.

Il Collegio dei Revisori
Ha la funzione di eseguire il primo riscontro amministrativo e contabile degli atti secondo le normative che regolano l’Ente. L’Ente è sottoposto anche alla vigilanza amministrativa da parte del Ministero dell’Ambiente, del Ministero del Tesoro ed in ultima istanza dalla Corte dei Conti. E’ composto da: Anna Maria Pellini (Presidente), Fabrizio Chiarelli e Gabriella Iacobacci.

La Comunità del Parco
E’ l’organo consultivo e propositivo dell’Ente. Di essa fanno parte tutti gli Enti che hanno competenze territoriali nell’area del parco. La Comunità del Parco, secondo la Legge 394/91, ha un’importanza vitale, in quanto deve armonizzare e coordinare le azioni dei diversi soggetti pubblici che agiscono nel territorio.
La Comunità del Parco è presieduta da Luigi Capacci, Sindaco di Premilcuore, ed ha come Vice Presidente Alessandro Manni, Sindaco di San Godenzo.